השחקנית ג'ון ג'י היון ילדה את ילדה הראשון, תינוק, בסיאול ב-10 בפברואר. לפי הסוכנות שלה, Culture Depot, אמא והתינוק שניהם מסתדרים היטב.

ג'ון נשוי לבנקאי צ'וי ג'ון היוק, שעובד בסניף של בנק אוף אמריקה בסיאול. למרות שהוא לא סלבריטי, לצ'וי יש כמה קרובי משפחה ידועים. הוא נכדו של מעצב הנבוק לי יאנג הי, שפתח את מוזיאון לי יאנג הי קוריאה בניו יורק. הוא בנו של מעצב האופנה לי יונג וו ואחיו של צ'וי ג'ון הו, חבר בקבוצת ה-k-pop X-Large. אביו של צ'וי מנהל חברת ניהול נכסים.

בסגנון ק-דרמה אמיתי נגזר גורלם של ג'ון ג'י היון וצ'וי ג'ון היוק להיפגש כפי שהם מכירים מאז שהיו ילדים. הם גדלו באותה שכונה, אבל איבדו קשר עד שהוצגו מחדש על ידי מכר משותף.



בני הזוג נישאו בשנת 2012. בראיון היא אמרה שהעזה שלו היא שכבשה אותה. הוא הציע לה ואמר לה להביא את הדרכון שלה לדייט. בסופו של דבר הם נסעו ליפן שם ביקש ממנה להינשא לו.

ג'ון ג'י היון הודיעה על הריונה ביולי. במהלך קיץ 2015 היא השתתפה במבצעים לסרט 'התנקשות', בו גילמה צלף מיומן ביותר. הופעתה הפומבית האחרונה הייתה בטקס פרסי תרבות הפופ הקוריאנית לשנת 2015 באוקטובר. היא הייתה מועמדת לחמישה פרסים וזכתה בפרס הנשיא על תפקידה בסרט ההיסטורי.

לפני שהופיעה בסרט 'התנקשות', הפופולריות של ג'ון ג'י היון קיבלה דחיפה גדולה כששיחקה בדרמה 'אתה שבאת מכוכב אחר' עם קים סו היון. בדרמה ההיא היא גילמה כוכבת קולנוע זועפת מאוהבת בחייזר.